中國の科學(xué)者、ゲノムの分析速度を5倍に上げる

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深セン農(nóng)業(yè)ゲノム研究所研究員の阮玨氏が率いるチームはこのほど學(xué)術(shù)誌「ネイチャー?メソッズ」に、第3世代シーケンスデータアセンブリアルゴリズム「Wtdbg」を発表した。第3世代シーケンスデータの分析効率を極めて大きく高めた。今年4月に「ネイチャー?バイオテクノロジー」に掲載されたアルゴリズム「Flye」と比べ分析のペースが5倍に向上するとともに、初めてシーケンスデータ分析時間を生成時間より短くした。経済日報が伝えた。

DNAシーケンス技術(shù)は1970年代中頃から後半にかけて成熟した。ヒトゲノム計畫が1990年に打ち出されると、ゲノムシーケンス技術(shù)は徐々に実験室から商用化の段階に向かった。2004年にヒトゲノム計畫が完了する頃になると、第2世代ゲノムシーケンス技術(shù)が相対的に成熟し、大規(guī)模な商用化が始まった。2013年に単分子などの第3世代シーケンス技術(shù)が登場し、シーケンス技術(shù)がより広範になり、コストがさらに下がる見通しがついた。

論文の筆者である阮氏は、「今や1人の全ゲノムシーケンスは、一般的な家庭でも費用を負擔(dān)できる普通のことになった。第3世代を例にすると、そのためにかかる時間は1日で、費用は5萬元（1元は約15.6円）を切る」と述べた。

阮氏は2013年に、米ハーバード大學(xué)醫(yī)學(xué)部の李恒博士と協(xié)力し、シーケンスデータのより高い分析速度と分析品質(zhì)を推進しようと、シーケンスデータ分析方法（アセンブリアルゴリズムなど）の開発を開始した。彼らは2016年に研究を終え、研究成果の「Wtdbg」をすべての人に無償開放した。この成果は3年にわたり數(shù)十本の學(xué)術(shù)論文に引用され、さらに國內(nèi)の多くのゲノムシーケンス分析企業(yè)によって主なアセンブリ分析ツールとして利用され、今年の世界大學(xué)生スパコンコンテストでは、性能テストの設(shè)問になった。

阮氏は「私たちは多くのフィードバックを受けている。これはアルゴリズムソフトの不備の改善に役立つだけでなく、多くのアイデアと発想をももたらしてくれた。アルゴリズムは実踐の中で絶えず改善する必要がある。より多くの実際の応用により、このアルゴリズムを効果的に調(diào)整?改善できる。現(xiàn)在のアルゴリズムは2016年のものと比べすでに2.0バージョンになっており、より上のバージョンの研究も年初に始まった」と述べた。（編集YF）

「人民網(wǎng)日本語版」2019年12月25日